Im Zuge der Konstituierung des SFB 295 (Kulturelle und sprachliche Kontakte) wurde von Seiten der Universität eine neue Professur für Vorderasiatische Archäologie eingerichtet, die 1996 mit Eva A. Braun-Holzinger erstmals besetzt wurde. Sie leitete nicht nur mehrere SFB-Teilprojekte zu interkulturellen Aspekten ikonographischer Forschung, sondern holte auch das DFG-finanzierte Grabungsunternehmen in Haft Tappeh/Iran unter der Grabungsleitung von Behzad Mofidi Nasrabadi nach Mainz. Die Professur wurde am Institut für Ägyptologie angesiedelt. Bibliothek und Arbeitsräume befanden sich auf dem Campus der JGU in einem ehemaligen Kasernengebäude im Friedrich-von-Pfeiffer-Weg 5 in sehr beengten Verhältnissen.
2001 konnte mit einer weiteren neuen Professur für Altorientalische Philologie das wichtigste Nachbarfach der Vorderasiatischen Archäologie an der JGU Mainz verankert werden. Den Ruf erhielt Doris Prechel, deren Schwerpunkte in den Bereichen der Assyriologie und der Hethitologie liegen. 2002 erhielt das Institut die umfassendere Bezeichnung „Institut für Ägyptologie und Altorientalistik“.
Dank diverser Ankäufe und Schenkungen, u.a. der Bibliotheken von Max Freiherr von Oppenheim und Rainer M. Boehmer, entstand in diesen Jahren in Mainz eine Bibliothek für alle Bereiche der Altorientalistik, die trotz ihres jungen Alters über umfangreiche Alt- und Neubestände verfügt. Der neu eingerichtete Magisterstudiengang Altorientalistik konnte mit zwei Studienrichtungen (Archäologie bzw. Philologie) studiert werden. Als die JGU im Vorgriff auf die Bologna-Reform im Jahr 2003 den B.A. Archäologie neu geschaffen hat, wurde die Vorderasiatische Archäologie außerdem als Schwerpunkt in diesen Studiengang integriert.
2009 übernahm Adelheid Otto die Nachfolge E.A. Braun-Holzingers für das Fach Vorderasiatische Archäologie und brachte weitere Forschungsprojekte nach Mainz, die DFG-finanzierte Ausgrabung von Tall Bazi (Syrien), ein französisch-deutsches (ANR/DFG) Projekt zur Historischen Geographie Obermesopotamiens und eine Beteiligung an dem internationalen Grabungsprojekt von Tall Beydar (Syrien), mit dessen Koordination Aaron Schmitt und Alexander Pruß betraut waren.
Dirk Wicke war als Mitarbeiter des SFB 295 nach Mainz gekommen und hat sich 2010 im Fach Vorderasiatische Archäologie habilitiert. Seit 2007 ist er an der Leitung des Grabungsprojektes in Ziyaret Tepe/Türkei beteiligt. 2014 erhielt er einen Ruf an die Goethe-Universität Frankfurt und hat die Professur dort zum Jahresbeginn 2015 angetreten.
Behzad Mofidi Nasrabadi leitet weiterhin das DFG-geförderte Grabungsprojekt in Haft Tappeh/Iran und hat sich 2013 im Fach Vorderasiatische Archäologie habilitiert.
In der Zeit von A. Otto erfolgten einige räumliche und organisatorische Veränderungen des Faches in Mainz. 2011 konnte die Raumsituation durch den Umzug des Institutes in die Hegelstraße 59 entscheidend verbessert werden, was allerdings mit einer deutlichen Entfernung vom Campus und den zentralen Institutionen von Universität und Fachbereich erkauft wurde. 2013 wurde das Institut mit einigen Nachbarfächern zum neu geschaffenen „Institut für Altertumswissenschaften“ vereinigt.
2013 wurde Adelheid Otto an die LMU München wegberufen. Die Professur war daraufhin für ein Jahr vakant und wurde im WS 2014/15 von Astrid Nunn vertreten. Seit April 2015 bekleidet Alexander Pruß den Lehrstuhl für Vorderasiatische Archäologie in Mainz.